Agencija pri svojem delovanju sledi naslednjim temeljnim ciljem:

1. spodbujanje zanesljivega, konkurenčnega, prožnega in okoljsko trajnostnega trga z električno energijo in plinom ter učinkovito odpiranje trga za vse odjemalce in dobavitelje;
2. razvoj konkurenčnih in pravilno delujočih regionalnih čezmejnih trgov z električno energijo in plinom;
3. odprava omejitev pri trgovanju z električno energijo in plinom;
4. na stroškovno učinkovit način spodbujati razvoj varnih, zanesljivih in učinkovitih nediskriminatornih sistemov, usmerjenih k odjemalcem, ki spodbujajo zadostno zmogljivost sistema, ter v skladu s splošnimi cilji energetske politike energetsko učinkovitost in vključevanje proizvodnje električne energije in plina v manjšem in večjem obsegu iz obnovljivih virov energije ter porazdeljene proizvodnje v prenosnih in distribucijskih omrežjih ter olajšati obratovanje teh sistemov v povezavi z drugimi plinskimi ali toplotnimi energetskimi omrežji;
5. omogočanje lažjega vključevanja v omrežje novih proizvodnih zmogljivosti in objektov za shranjevanje energije, zlasti z odpravljanjem ovir, ki bi lahko novim udeležencem preprečile vstop na trg električne energije in plina iz obnovljivih virov energije;
6. zagotavljanje ustreznih spodbud za operaterje in uporabnike sistemov, kratkoročno in dolgoročno, da bi povečali učinkovitost omrežij in spodbudili povezovanje trgov;
7. zagotavljanje koristi odjemalcev električne energije in plina preko učinkovitega delovanja trga, spodbujanjem učinkovite konkurence in pomoči pri zagotavljanju visoke ravni varstva potrošnikov v sodelovanju z organi, pristojnimi za varstvo potrošnikov;
8. pomoč pri doseganju visokih standardov osnovne oskrbe in javnih storitev pri oskrbi z električno energijo in plinom ter prispevanje k zaščiti ranljivih odjemalcev in skladnosti potrebnih postopkov izmenjave podatkov, da se odjemalcem omogoči zamenjava dobavitelja.