Za delo sindikatov mora biti zagotovljeno:

• sindikalnim zaupnikom najmanj ena in pol plačana ura letno za vsakega delavca v zavodu, vendar ne manj kot 75 letno, za opravljanje njihovih funkcij. Delavci v več zavodih, kjer je zaposleno manjše število ljudi kot 50, imajo lahko na podlagi dogovora skupnega sindikalnega zaupnika;
• okvirni režim izrabe določenega števila ur za delo sindikalnega zaupnika, od tega mora biti najmanj polovica delovnih ur v rednem delovnem času, se dogovori med sindikatom in direktorjem zavoda. Pri tem se upoštevajo potrebe in interesi članov sindikatov in zahteve delovnega procesa;
• sindikalni zaupnik lahko plačan čas za sindikalne aktivnosti izkoristi v obliki zmanjšane delovne obveznosti za poklicno delo ali kot povečan obseg dela.
• pet plačanih delovnih dni letno za usposabljanje sindikalnih zaupnikov

Plača sindikalnega zaupnika za čas sindikalne aktivnosti se določi na enak način kot za njegov redni delovni čas in vključuje tudi vse dodatke ter plačni količnik, ki si ga je pridobil z napredovanjem.

Sindikalni zaupnik iz naslova delovne uspešnosti ne more prejemati plače nižje od povprečne ocene delovne uspešnosti v raziskovalni organizaciji, ne glede na to, ali opravlja funkcijo profesionalno ali neprofesionalno. Šteje se, da je sindikalni zaupnik postavljen v manj ugoden položaj, če je iz naslova napredovanja na delovnem mestu ocenjen nižje od ocene, da izpolnjuje pogoje za napredovanje najmanj na vsaka tri leta.

Sindikalnemu zaupniku se lahko določi delovna uspešnost, ki je nižja od povprečne ocene delovne uspešnosti v zavodu oziroma onemogoči napredovanje najmanj na vsaka tri leta, če k takemu ravnanju poda sindikat soglasje v 8 dneh od prejetja direktorjevega predloga.

Sredstva, potrebna za izvajanje določb prvega, drugega in tretjega odstavka tega člena, kakor tudi za strokovno pomoč in druge pogoje za delo sindikata v javnih raziskovalnih zavodih, zagotavlja Ministrstvo za znanost in tehnologijo v okviru rednega financiranja osnovne dejavnosti teh zavodov.

Odločitev pooblaščenega delavca ali organa zavoda, s katero naj bi bil sindikalni zaupnik prerazporejen na drugo delovno mesto, v drugo organizacijo oziroma k drugemu delodajalcu, ali kako drugače postavljen v manj ugoden ali podrejen položaj, je brez pravnega učinka, če sindikat k njej ne poda pisnega soglasja. Rok, v katerem je sindikat dolžan dati soglasje, je 8 dni. V primeru, ko sindikat oceni, da je odločitev posledica sindikalne dejavnosti sindikalnega zaupnika in zato ne poda soglasja, lahko pooblaščeni delavec ali organ sproži postopek pred arbitražo. Dokazno breme je na zavodu oziroma delodajalcu.

Zoper sindikalnega zaupnika tudi ni mogoče brez soglasja sindikata zavoda začeti disciplinskega postopka ali mu znižati njegove osnovne plače oziroma plače iz naslova učinkovitosti pod povprečje zadnjih treh mesecev. V primeru spora je dokazno breme na zavodu oziroma delodajalcu.

Spor pred arbitražo lahko sproži tudi sindikat, če meni, da je sindikalni zaupnik šikaniran zaradi sindikalne dejavnosti.

Glede sestave arbitraže in postopka pred arbitražo se smiselno uporabljajo določbe zakona o delovnih razmerjih in te kolektivne pogodbe o arbitraži, ki v primeru spora odloča o programu razreševanja presežkov delavcev v zavodu.