Zavod poroča ministrstvu o izvajanju programa s predložitvijo podatkov o uresničitvi ciljev programa ter o porabljenih sredstvih za izvajanje programa. Poročilo pripravi zavod polletno in letno ter ga odda ministrstvu najpozneje v 45 dneh po izteku poročevalskega obdobja. Na zahtevo ministrstva zavod pripravi tudi izredna poročila.