1. Odbor za razlago kolektivne pogodbe

Izvajanje kolektivne pogodbe spremlja in morebitne nejasne določbe kolektivne pogodbe avtentično razlaga odbor, ki ima štiri člane in predsednika. Dva člana odbora imenuje vsaka izmed strank, predsednika pa imenujeta stranki sporazumno.

2. Sklenitev, sprememba in dopolnitev kolektivne pogodbe

a) Stranke lahko kadarkoli sporazumno spremenijo kolektivno pogodbo.

b) Vsaka izmed pogodbenih strank lahko kadarkoli predlaga spremembo ali dopolnitev kolektivne pogodbe. Stranka, ki želi spremembo ali dopolnitev, predloži svojo zahtevo nasprotni strani v pisni obliki. Nasprotna stran se mora do predloga opredeliti v 30 dneh po sprejemu zahteve, sicer se začne postopek pred komisijo za pomirjevanje.

c) Postopek pomirjevanja izvede odbor za razlago kolektivne pogodbe, ki poskuša v 30 dneh doseči sporazumno rešitev spornega vprašanja. Če pogodbeni stranki sprejmeta predlog odbora za razlago kolektivne pogodbe, se na tej podlagi dopolni kolektivna pogodba. V nasprotnem primeru o spornih vprašanjih odloči arbitražni svet.

d) Arbitražni svet ima štiri člane ter predsednika in namestnika predsednika. Vsaka stranka imenuje dva člana arbitražnega sveta, predsednika in njegovega namestnika določita stranki sporazumno. Če stranki ne dosežeta sporazuma, predsednika in namestnika predsednika arbitražnega sveta določi pristojno delovno sodišče. 

Arbitražni svet odloča z večino glasov. V primeru enakega števila glasov odloči dodatni glas predsednika.

Odločitev arbitražnega sveta o spornih vprašanjih je dokončna.

2.a Predhodno posvetovanje o novih zakonskih in podzakonskih aktih

Ministrstvo za znanost in tehnologijo se obvezuje, da bo drugo pogodbeno stran obveščalo o pripravah zakonskih in podzakonskih aktov s področja organiziranja in financiranja znanstveno raziskovalne dejavnosti in ji omogočilo sodelovanje pri njihovi izdelavi.

3. Kršitev pravic in obveznosti strank

V primeru, da ena izmed pogodbenih strank krši obveznosti, ki jih je prevzela s podpisom kolektivne pogodbe, lahko drugi stranki odstopita od pogodbe. Sklep o odstopu od pogodbe morata obe stranki sporočiti nasprotni stranki v pisni obliki in dotočiti rok za začetek veljavnosti tega sklepa. Ta rok ne more biti krajši od treh mesecev.

Vsaka izmed strank lahko po odpovedi veljavnosti zahteva sklenitev nove kolektivne pogodbe.

Glede pozitivne in negativne izvedbene dolžnosti, se uporabljajo določbe kolektivne pogodbe za negospodarske dejavnosti v Republiki Sloveniji.

Med poskusnim delom lahko delavec kadar koli odpove delovno razmerje. Delovno razmerje preneha z datumom dokončnosti sklepa o prenehanju delovnega razmerja delavcu z dnem, ko je podal pisno odpoved delovnega razmerja.
Poskusno delo se izjemoma lahko podaljša zaradi odsotnosti z dela zaradi daljše bolezni, vpoklica na vojaške vaje in podobnega, če ta odsotnost znaša najmanj 10 delovnih dni.

Delavci, starejši od 55 let, in delavke, starejše od 50 let, lahko na podlagi zdravniškega potrdila predlagajo razporeditev na delovna mesta, ki ga bodo lahko opravljali glede na starost in delovno zmožnost.
V primeru razporeditve iz prejšnjega odstavka plača delavca ne more biti nižja kot pred razporeditvijo.

Delavcem s 35 leti delovne dobe ali 55 let starosti in delavkam s 30 leti delovne dobe ali 50 let starosti, ki so razporejeni na delovno mesto od I. do V. tarifne skupine in sodelujejo pri znanstveno-raziskovalnem delu, se zmanjša delovna obveza za 2 uri tedensko.

Delavcu, ki se izobražuje in izpopolnjuje za potrebe zavoda, pripadajo povračila stroškov povezanih z izobraževanjem:
- prevoz,
- kotizacija, šolnina,
- stroški prehrane,
- stroški bivanja,
- stroški za učne pripomočke (literatura in računalniški programi), ki ostanejo last zavoda

Delavec, ki ga je zavod poslal na izobraževanje oziroma izpopolnjevanje, je dolžan na zahtevo zavoda ostati na delu v zavodu dvakratno dobo izobraževanja, vendar ne več kot osem let.

Delavcu, ki ob podpisu te kolektivne pogodbe ne izpolnuje pogojev za zahtevano strokovno izobrazbo na delovnem mestu, na katero je razporejen, se plača zniža za 10 %.
Delavec, ki ne izpolnjuje pogojev za delo na delovnem mestu mora v primernem času (1,5-krat število manjkajočih let šolske izobrazbe) pridobiti ustrezno izobrazbo, sicer je lahko razporejen na delovno mesto, za katerega izpolnjuje pogoje.
Delavcu starejšemu od 55 in delavki starejši od 50 let ni potrebno dodatno šolanje za zadržanje delovnega mesta, za katerega ne izpolnjuje vseh pogojev, ga pa zaseda ob podpisu te pogodbe.