Poleg razlogov, določenih v predpisih o javnih zavodih, se lahko direktorja javnega zavoda predčasno razreši tudi zaradi bistvenih sprememb kot sta bistveno spremenjena dejavnost, zaradi katere je javni zavod ustanovljen ali zaradi prenosa ustanoviteljstva. V tem primeru se smiselno uporabljajo določbe, ki urejajo predčasno razrešitev iz ostalih razlogov.

V primeru prenosa soustanoviteljstva je predčasna razrešitev direktorja dopustna samo, če gre za prevzemnika, katerega delež presega polovico javnih sredstev, ki so potrebna za delovanje javnega zavoda.