(1) Ministrstvo najkasneje v petih delovnih dneh po prejemu vloge iz 92. člena tega zakona preveri formalno popolnost vloge za izdajo okoljevarstvenega soglasja. Ministrstvo mora najkasneje v treh delovnih dneh po ugotovitvi, da je vloga iz 92. člena tega zakona formalno popolna, vlogo poslati občini, na območju katere bo izveden nameravani poseg, da se opredeli glede skladnosti z občinskimi prostorskimi izvedbenimi akti, ter ministrstvom in organizacijam iz tretjega odstavka 91. člena tega zakona (v nadaljnjem besedilu: mnenjedajalci), ter jih pozove, naj se v 21 dneh od prejema poziva opredelijo, ali je:

1. nameravani poseg v okolje v delu, ki se nanaša na pristojnost mnenjedajalca, sprejemljiv;
2. nameravani poseg v okolje sprejemljiv z vidika njihove pristojnosti pod pogojem, da nosilec posega projekt iz 93. člena tega zakona ali poročilo o vplivih na okolje iz 94. člena tega zakona dopolni z dodatnimi ukrepi za preprečitev in odpravo ali zmanjšanje ali izravnavo pomembnejših škodljivih vplivov na okolje ali z dodatnimi ali podrobnejšimi informacijami;
3. nameravani poseg v okolje z vidika njihove pristojnosti ni sprejemljiv.

(2) Mnenje mora jasno izražati stališča mnenjedajalca ter mora biti strokovno in pravno utemeljeno in obrazloženo.

(3) Če mnenje ni bilo izdano v roku iz prvega odstavka tega člena, ministrstvo pozove mnenjedajalca, naj mnenje predloži v roku osmih dni. Če mnenjedajalec tudi v tem roku mnenja ne izda, ministrstvo odloči s pomočjo mnenja pristojnega organa za nadzor nad mnenjedajalcem ali s pomočjo izvedenca ustrezne stroke. Stroške izvedenca v celoti krije mnenjedajalec.

(4) V primeru nejasnih, nepopolnih mnenj, mnenj, ki so v očitnem neskladju s predpisi, ki so podlaga za izdajo mnenja, ali mnenj, ki nimajo ustrezne pravne podlage, ministrstvo zahteva dopolnitev takih mnenj v roku osmih dni. Ob neuspešni dopolnitvi mnenj ministrstvo odloči po naslednjem vrstnem redu:

1. s pomočjo mnenja pristojnega organa za nadzor nad mnenjedajalcem;
2. s pomočjo izvedenca, pri čemer stroške izvedenca v celoti krije mnenjedajalec;
3. odloči brez mnenja samo.

(5) Če iz mnenja mnenjedajalca izhaja, da je poseg sprejemljiv, projekt in poročilo o vplivih na okolje v delu, ki se nanaša na pristojnost mnenjedajalca, pa vsebinsko ustrezna, ministrstvo takoj po prejemu mnenj ali po poteku roka iz tretjega in četrtega odstavka tega člena preuči ustreznost projekta in poročila o vplivih na okolje. Če tudi samo ugotovi, da je poseg sprejemljiv, projekt in poročilo o vplivih na okolje pa ustrezna, pripravi osnutek okoljevarstvenega soglasja in nadaljuje postopek v skladu s 97. členom tega zakona.

(6) Če iz mnenja mnenjedajalca izhaja, da je treba projekt ali poročilo o vplivih na okolje dopolniti z dodatnimi ukrepi za preprečitev, zmanjšanje ali odpravo ali izravnavo pomembnejših škodljivih vplivov na okolje ali z dodatnimi ali podrobnejšimi informacijami, ali če to samo ugotovi, ministrstvo pozove nosilca nameravanega posega, da se do teh zahtev opredeli.

(7) Če je mnenjedajalec hkrati tudi nosilec nameravanega posega v okolje ali če mnenja zahtevajo med seboj nasprotujočo si dopolnitev, ministrstvo o ustrezni vsebinski dopolnitvi odloči po naslednjem vrstnem redu:

1. s pomočjo mnenja pristojnega organa za nadzor nad mnenjedajalcem;
2. s pomočjo izvedenca;
3. o pomembnem vprašanju izvede ustno obravnavo;
4. odloči samo.

(8) V primeru iz četrtega in sedmega odstavka tega člena je treba glede skladnosti s predpisi o ohranjanju narave za presojo sprejemljivosti uporabiti metodologijo za presojo sprejemljivosti, določeno v predpisih o ohranjanju narave, ter se prepričati, da nameravani poseg ne bo škodljivo vplival na varstvene cilje varovanih območij, njihovo celovitost in povezanost.

(9) Ministrstvo na podlagi opredelitev nosilca nameravanega posega iz šestega odstavka tega člena:

1. upošteva pravno in strokovno utemeljene opredelitve nosilca nameravanega posega glede zahtev iz šestega odstavka tega člena ter ustrezno spremeni zahtevo za dopolnitev projekta ali poročila o vplivih na okolje, ali od nosilca nameravanega posega ne zahteva dopolnitve projekta ali poročila o vplivih na okolje, ali

2. ne upošteva pravno in strokovno neutemeljene opredelitve nosilca nameravanega posega glede zahtev iz šestega odstavka tega člena ter od nosilca nameravanega posega zahteva dopolnitev projekta ali poročila o vplivih na okolje v skladu z zahtevami iz mnenj mnenjedajalcev ali lastnimi zahtevami.

10. Ministrstvo v skladu:

1. s 1. točko prejšnjega odstavka in po potrebi dopolnjenega projekta ali poročila o vplivih na okolje pripravi osnutek okoljevarstvenega soglasja ter nadaljuje postopek v skladu s 97. členom tega zakona;
2. z 2. točko prejšnjega odstavka pozove nosilca nameravanega posega, da projekt in poročilo o vplivih na okolje dopolni skladno z zahtevami mnenjedajalca ali lastnimi zahtevami.

11. Po prejemu ustrezno dopolnjenega projekta in poročila o vplivih na okolje skladno z 2. točko prejšnjega odstavka ministrstvo pripravi osnutek okoljevarstvenega soglasja ter nadaljuje postopek v skladu s 97. členom tega zakona.
12. Če iz mnenja mnenjedajalca izhaja, da nameravani poseg v okolje z vidika njegove pristojnosti ni sprejemljiv, ministrstvo pozove nosilca nameravanega posega, naj se do takega mnenja opredeli. Ministrstvo na podlagi opredelitev nosilca nameravanega posega:

1. ne upošteva mnenja mnenjedajalca, če iz pravno in strokovno utemeljenih opredelitev nosilca nameravanega posega in predpisov, ki so podlaga za izdajo mnenja, izhaja, da mnenje mnenjedajalca nima ustrezne pravne podlage ali je v očitnem neskladju s predpisi, ki so podlaga za izdajo mnenja, ali
2. zavrne pravno in strokovno neutemeljene opredelitve nosilca nameravanega posega in pri odločanju o izdaji okoljevarstvenega soglasja upošteva mnenje mnenjedajalca.

13. Ministrstvo v skladu s 1. točko prejšnjega odstavka in po potrebi dopolnjenega projekta ali poročila o vplivih na okolje, če ju nosilec nameravanega posega v okviru priprave opredelitev sam dopolni, pripravi osnutek okoljevarstvenega soglasja in nadaljuje postopek v skladu s 97. členom tega zakona.
14. Ministrstvo v skladu z 2. točko dvanajstega odstavka tega člena in po potrebi dopolnjenega projekta ali poročila o vplivih na okolje, če ju nosilec nameravanega posega v okviru priprave opredelitev sam ustrezno dopolni, tako da je nameravani poseg sprejemljiv, poročilo o vplivih na okolje in projekt pa ustrezna, pripravi osnutek okoljevarstvenega soglasja in nadaljuje postopek v skladu s 97. členom tega zakona ali pa zavrne izdajo okoljevarstvenega soglasja, če niso izpolnjeni pogoji za njegovo izdajo iz tretjega odstavka 100. člena tega zakona.
15. Če ministrstvo po pridobitvi mnenja pristojnega mnenjedajalca za varstvo narave ugotovi, da bi izvedba nameravanega posega na varovana območja povzročila bistvene ali uničujoče vplive, o ugotovitvi pisno obvesti nosilca nameravanega posega. Ta lahko najkasneje v 90 dneh po vročitvi obvestila predlaga uvedbo postopka prevlade druge javne koristi nad javno koristjo ohranjanja narave (v nadaljnjem besedilu: prevlada javne koristi) po predpisih o ohranjanju narave.
16. Če je predlog za prevlado javne koristi podan med postopkom izdaje okoljevarstvenega soglasja, ministrstvo prekine postopek do rešitve predhodnega vprašanja prevlade javne koristi.
17. Ministrstvo nosilca nameravanega posega sproti obvešča o vseh procesnih dejanjih v zvezi z njegovo vlogo.