NIJZ kot javno službo opravlja naslednje naloge:

• proučevanje zdravja in zdravstvenega stanja prebivalstva,
• spremljanje in vrednotenje zdravstvenega varstva ter proučevanje dostopnosti z vidika zadovoljevanja potreb prebivalstva ter priprava strokovnih podlag za načrtovanje zdravstvenih zmogljivosti,
• vodenje in upravljanje zbirk podatkov s področja zdravja in zdravstvenega varstva v skladu s posebnimi predpisi,
• načrtovanje, koordinacija razvoja in spremljanje delovanja informacijskih sistemov, ki podpirajo zbiranje in izmenjavo zdravstvenih podatkov ter kazalnikov javnega zdravja,
• nudenje statističnih in drugih javno dostopnih podatkov s področja zdravstvenega varstva za ponovno uporabo v skladu s predpisi,
• spremljanje in proučevanje dejavnikov, ki vplivajo na zdravje, in priprava predlogov ukrepov za zgodnje odkrivanje in omilitev njihovega vpliva,
• izdelava celovitih ocen tveganj za zdravje,
• spremljanje nalezljivih bolezni, vključno z okužbami, povezanimi z zdravstveno oskrbo ter zgodnje zaznavanje in odzivanje na dogodke, ki pomenijo nevarnost za javno zdravje,
• načrtovanje programov, vključno s programom cepljenja in zaščite z zdravili, in ukrepov za obvladovanje nalezljivih in drugih bolezni, povezanih s posebnimi izpostavljenostmi v naravnem okolju,
• načrtovanje, spremljanje, vrednotenje in izvajanje programov za krepitev zdravja in preprečevanje bolezni,
• načrtovanje, spremljanje, vrednotenje, upravljanje in izvajanje preventivnih in presejalnih programov v zdravstveni dejavnosti,
• zagotavljanje strokovne podpore ministrstvu in inšpektoratu, pristojnemu za zdravje,
• strokovna podpora v postopkih presoj vplivov okolja na zdravje v skladu s posebnimi predpisi,
• priprava strokovnih podlag za oblikovanje javnih politik in programov na področju javnega zdravja in zdravstvenega varstva,
• sodelovanje pri pripravi strokovnih podlag za uvajanje novih metod dela v zdravstveni dejavnosti in presoji zdravstvenih tehnologij,
• sodelovanje z NLZOH in drugimi znanstveno raziskovalnimi inštitucijami na področju javnega zdravja,
• sodelovanje v delovnih telesih uradnih inštitucij na nacionalni ravni, na ravni Evropske unije in na mednarodni ravni,
• seznanjanje strokovne in splošne javnosti o stanju, raziskavah in ugotovitvah na področju javnega zdravja,
• obveščanje in osveščanje splošne javnosti za dvig zdravstvene pismenosti,
• pedagoško, znanstveno raziskovalno in izobraževalno delo na področju javnega zdravja, v skladu s posebnimi predpisi.

Poleg nalog iz prejšnjega odstavka NIJZ opravlja tudi druge naloge na področju javnega zdravja, določene s posebnimi predpisi.