NLZOH kot javno službo opravlja naslednje naloge:

• izvajanje mikrobioloških preizkušanj na področju medicinske mikrobiologije za potrebe izvajalcev zdravstvene dejavnosti,
• vzpostavitev in vzdrževanje zbirke izolatov patogenih mikroorganizmov za namen epidemioloških raziskav,
• sodelovanje pri pripravi in usklajevanju programov spremljanja (monitoringov) nacionalnega pomena ter programov vzorčenj in preskušanj v okviru inšpekcijskega nadzora, na področju voda, živil, materialov in izdelkov, namenjenih za stik z živili, nalezljivih bolezni, kozmetike, igrač, izdelkov splošne varnosti, alkohola, tobaka, biocidov, kemikalij, fitofarmacevtskih sredstev, tal, zraka, bioloških sistemov, bivalnega okolja in drugih področij v skladu s posebnimi predpisi,
• izvajanje vzorčenj in laboratorijskih preskušanj v okviru programov spremljanja (monitoringov) nacionalnega pomena ter izvajanje laboratorijskih preskušanj vzorcev, odvzetih v okviru programov inšpekcijskega nadzora, vključno s pripravo poročil,
• izdelovanje ocen skladnosti, varnosti in ocen tveganja za vzorce iz prejšnje alineje,
• izvajanje nalog nacionalnih referenčnih laboratorijev, ki vključujejo uvajanje, validacijo in akreditacijo novih metod preskušanj ter vzdrževanje referenčnih sevov in materialov,
• sodelovanje z NIJZ in posredovanje podatkov za potrebe izvajanja nalog iz 23.a člena tega zakona,
• sodelovanje v delovnih telesih uradnih institucij na nacionalni ravni, na ravni Evropske unije in na mednarodni ravni,
• sodelovanje pri celovitem ocenjevanju varnosti in tveganj na stičnih območjih bivalnega okolja in drugih uporabnikov prostora,
• izvajanje dejavnosti mobilne ekološke enote na področju okolja za primere možnih okoljskih tveganj,
• zagotavljanje strokovne podpore pristojnim ministrstvom in inšpektoratom,
• strokovna podpora v postopkih presoj vplivov okolja na zdravje v skladu s posebnimi predpisi,
• sodelovanje pri razvojnem in strokovnem delovanju na področju okoljsko-zdravstvenega informacijskega sistema,
• obveščanje in osveščanje javnosti ter poročanje v skladu s posebnimi predpisi,
• pedagoško, znanstveno raziskovalno in izobraževalno delo na področju dejavnosti NLZOH, v skladu s posebnimi predpisi.