Direktor javnega zdravstvenega zavoda organizira in vodi delo in poslovanje javnega zdravstvenega zavoda, ga predstavlja in zastopa ter je odgovoren za zakonitost dela javnega zdravstvenega zavoda. V okviru teh pooblastil in odgovornosti direktor javnega zdravstvenega zavoda opravlja naslednje naloge:

1. zagotovi izvajanje sklepov sveta zavoda,
2. zagotavlja, da javni zdravstveni zavod posluje v skladu z zakonom, drugimi predpisi, ustanovitvenim aktom in splošnimi akti,
3. sprejema splošne akte, ki urejajo poslovanje in delo javnega zdravstvenega zavoda, za katere ni pristojen drug organ v skladu s tem zakonom ali aktom o ustanovitvi javnega zdravstvenega zavoda,
4. najpozneje tri mesece pred iztekom programa razvoja javnega zdravstvenega zavoda pripravi nov petletni program razvoja javnega zdravstvenega zavoda ter ga posreduje v sprejem svetu zavoda,
5. pripravi predlog finančnega načrta (s kadrovskim načrtom) in programa dela javnega zdravstvenega zavoda, ki ga posreduje v sprejem svetu zavoda,
6. pripravi letno poročilo in zaključni račun javnega zdravstvenega zavoda, ki ga posreduje v sprejem svetu zavoda,
7. skrbi za materialno in finančno poslovanje javnega zdravstvenega zavoda,
8. odloča o pravicah in obveznostih zaposlenih iz delovnega razmerja,
9. sprejema akt o notranji organizaciji in sistemizaciji delovnih mest,
10. predlaga in izvaja ukrepe za izboljšanje dostopnosti do zdravstvenih storitev (npr. opravlja analize in izvaja akcijske načrte za obvladovanje čakalnih dob v javnem zdravstvenem zavodu),
11. uresničuje cilje in aktivnosti iz nacionalnih strategij, programa razvoja javnega zdravstvenega zavoda, finančnega načrta in programa dela javnega zdravstvenega zavoda,
12. uresničuje cilje ustanovitelja,
13. zagotovi optimizacijo procesov dela, vključno s spremljanjem in zagotavljanjem njihove učinkovitosti (najmanj merjenje dnevnih delovnih obremenitev v skladu z 51.b členom tega zakona ),
14. v primeru polletnega ali letnega poslovanja s presežkom odhodkov nad prihodki sprejme program ukrepov za stabilizacijo poslovanja, ki vključuje akcijski načrt sanacijskih ukrepov s časovnico in načinom poročanja o njihovem izvajanju, in ga posreduje v potrditev svetu zavoda,
15. izdaja posamične pravne akte,
16. na poziv Zavoda za zdravstveno zavarovanje Slovenije poroča o stroških zdravstvenih storitev, vključno s stroški za zdravila in medicinske pripomočke, po posameznem pacientu,
17. opravlja druge naloge v skladu s tem zakonom in aktom o ustanovitvi.

Strokovni direktor javnega zdravstvenega zavoda vodi strokovno delo javnega zdravstvenega zavoda in za strokovnost dela odgovarja strokovnemu svetu in svetu zavoda. V okviru svojih pooblastil in odgovornosti ter upoštevajoč ugotovitve in predloge odgovornih nosilcev zdravstvene dejavnosti v javnem zdravstvenem zavodu opravlja naslednje naloge:

1. usklajuje in organizira strokovno delo javnega zdravstvenega zavoda,
2. pripravi predlog letnega programa dela za strokovno področje, ki ga posreduje v potrditev strokovnemu svetu zavoda,
3. skupaj z direktorjem javnega zdravstvenega zavoda spremlja, ugotavlja in zagotavlja realizacijo programa po pogodbi, sklenjeni z Zavodom za zdravstveno zavarovanje Slovenije,
4. spremlja, ugotavlja in zagotavlja strokovnost, kakovost in varnost zdravstvene obravnave v javnem zdravstvenem zavodu,
5. najmanj enkrat letno pripravi poročilo o strokovnem delu javnega zdravstvenega zavoda, ki vsebuje tudi presojo ustreznosti vzpostavitve in vzdrževanja sistema nadzora in izboljševanja kakovosti in varnosti strokovnega dela v javnem zdravstvenem zavodu, in ga posreduje svetu zavoda,
6. direktorju javnega zdravstvenega zavoda predlaga ukrepe za izboljšanje dostopnosti do zdravstvenih storitev za paciente, če povpraševanje po zdravstvenih storitvah presega zmogljivosti tega zavoda,
7. skupaj z direktorjem javnega zdravstvenega zavoda skrbi za optimizacijo delovnih procesov iz 13. točke prejšnjega odstavka,
8. skupaj z direktorjem javnega zdravstvenega zavoda pripravi program ukrepov za stabilizacijo poslovanja iz 14. točke prejšnjega odstavka,
9. opravlja druge naloge v skladu s tem zakonom in aktom o ustanovitvi.

Kadar sta poslovodna funkcija in funkcija strokovnega vodenja javnega zdravstvenega zavoda združeni, direktor javnega zdravstvenega zavoda opravlja naloge iz prvega in drugega odstavka tega člena.