Svet zavoda na predlog direktorja javnega zdravstvenega zavoda imenuje in razrešuje notranjega revizorja, ki ima naziv preizkušeni državni notranji revizor oziroma državni notranji revizor in opravlja notranje revidiranje v skladu z zakonom, ki ureja javne finance. Pogodbo o zaposlitvi z notranjim revizorjem ali civilno pravno pogodbo z zunanjim izvajalcem notranje revizije sklene direktor javnega zdravstvenega zavoda.

Notranji revizor izvaja naloge v skladu z načrtom notranje revizije, ki ga predlaga direktor javnega zdravstvenega zavoda in potrdi svet zavoda do konca marca v letu, v katerem se notranja revizija izvaja. Načrt notranje revizije vsebuje vsa ključna tveganja iz registra tveganj, najmanj pa pregled izvajanja javnih naročil. Področja, ki jih mora obravnavati notranja revizija posameznega javnega zdravstvenega zavoda, lahko določi tudi minister, pristojen za zdravje.

Notranja revizija vsebuje tudi opredelitev notranjega revizorja, ali se v javnem zdravstvenem zavodu z javnimi sredstvi, namenjenimi za opravljanje javne službe, upravlja kot dober gospodar ter o izkoriščenosti zmogljivosti (prostorov, opreme in kadrov) ter poda priporočila in ukrepe za odpravo ugotovljenih pomanjkljivosti oziroma neskladnosti.

Po potrditvi sveta zavoda direktor javnega zdravstvenega zavoda letno poročilo notranje revizije v seznanitev posreduje ministrstvu, pristojnemu za zdravje, ki lahko zahteva dopolnitev poročila in akcijski načrt izvajanja priporočil revizije.

Redna revizija računovodskih izkazov, ki vključuje presojo racionalne rabe javnih sredstev in presojo sodil za razmejitev na javno službo in tržno dejavnost in ki jo v skladu z zahtevami zakona, ki ureja revidiranje, opravi revizijska družba, se pri javnih zdravstvenih zavodih, ki imajo več kot 1000 zaposlenih oziroma skupno vrednost aktive v bilanci stanja višjo od 40 milijonov eurov, opravi vsako leto.

Ministrstvo, pristojno za zdravje, Zavod za zdravstveno zavarovanje Slovenije oziroma svet zavoda lahko za posamezni javni zdravstveni zavod kadarkoli zahteva izvedbo izredne revizije računovodskih izkazov, izredne notranje revizije ali posebne revizije.