Namen sistema in ustroja notranjih kontrol je zagotoviti smotrno poslovanje ter nadzor poslovanja z uporabo enotnega informacijskega sistema pri proračunskih uporabnikih, upravljanje premoženja s skrbnostjo dobrega gospodarja, vodenje enotnih evidenc o obsegu in realni vrednosti kapitalskih naložb, terjatev in obveznosti ter drugih oblik premoženja oseb javnega prava.

Proračunski uporabniki vzpostavijo in vzdržujejo sisteme finančnega poslovodenja in notranjih kontrol kot načrt aktivnosti, ki vključuje stališča in usmeritve vodstva, izražene z metodami za določanje ciljev in sredstev za njihovo doseganje, delovnimi postopki in prakso ter ukrepi za obvladovanje tveganj, ki skupaj dajejo primerno zagotovilo za:

• urejeno in smotrno poslovanje, ki bo omogočilo doseganje zastavljenih ciljev in kakovostne storitve v skladu z nalogami proračunskega uporabnika,
• varovanje sredstev pred izgubo zaradi malomarnosti, zlorab, slabega upravljanja, napak, poneverb ter drugih nepravilnosti,
• poslovanje v skladu z zakoni, drugimi predpisi in navodili vodstva,
• obdelavo, vodenje in shranjevanje zanesljivih računovodskih in drugih podatkov ter točno in pregledno poročanje.