Pravice in obveznosti zavoda oziroma delodajalca in sindikata zdravnikov se podrobneje urejajo s posebno pogodbo o sindikalnem delovanju v zavodu.

S pogodbo o sindikalnem delovanju se uredi zlasti:

• pravica zdravnikov do sindikalnega delovanja v zavodu;
• pravice sindikalnega zaupnika;
• pravica prostega dostopa zunanjih predstavnikov sindikata zdravnikov v zavod;
• svoboda sindikalnega obveščanja in širjenja sindikalnega tiska v zavodu;
• oblike strokovne pomoči, ki jo zavod nudi sindikatu zdravnikov;
• način obračunavanja in nakazovanja sindikalne članarine;
• pravica sindikata zdravnikov, da zastopa zdravnike v postopkih, ki zoper nje tečejo v zavodu.