Javni zavod zastopa, predstavlja in vodi direktor. Z aktom o ustanovitvi javnega zavoda se lahko funkcija direktorja poimenuje tudi drugače.

Akt o ustanovitvi lahko določa, da ima javni zavod za posamezna področja (vodenje strokovnega dela, finančne in pravne zadeve ipd.) tudi pomočnike direktorja in uredi način njihovega imenovanja ter njihove naloge in pristojnosti.

Kadar to zahteva velikost javnega zavoda ali raznovrstnost njegovih dejavnosti lahko akt o ustanovitvi določi, da vodi javni zavod namesto direktorja uprava, ki jo sestavljajo predsednik in eden ali več članov. V tem primeru akt o ustanovitvi določi medsebojna razmerja med člani uprave, način odločanja uprave, zastopanje javnega zavoda ter odgovornost za zakonitost in strokovnost dela javnega zavoda. Če posameznemu članu uprave preneha mandat pred potekom roka, se imenuje nov član, vendar samo do izteka mandata uprave. Za upravo se smiselno uporabljajo vsi členi, ki se nanašajo na direktorja.